除大學提供的中央輔導服務外，善衡書院也有獨立的駐院輔導服務，包括個人會談、家庭會談（按需要安排）。輔導服務的主要目標，是協助學生發掘更多可能性，把其重視的價值重新定位，以便走出逆境。人生有高山低谷，無可避免，故書院強調任何人都可以找輔導員會談，沒有所謂「很有問題」的人才需要輔導服務的前設。以下是書院輔導服務的一些重要信念：
一、 大多數情況下，輔導員不會就你的人生提供所謂「專業」意見。每個人都是自己問題的專家。
二、 輔導員不會把當事人視作有問題的人。人是人，問題是問題，兩者不會混為一談。
三、 輔導員不會主導對話，當事人永遠是對話主角。比起教導，輔導員更重視聆聽；比起假設，輔導員更講求好奇；
比起單一故事，輔導員更想發掘多元故事。
此外，書院定期舉辦不同類型的工作坊，讓學生體驗探索自我的旅程，藉此建立個人價值，享受多姿多彩的大學生活。書院也與不同團體合作，讓學生多角度認識情緒健康的重要，盼學生敏銳察覺自己之餘，同時撕去情緒健康的負面標籤。另外，通過性格評估工具「性格透視®」，書院希望幫助學生進一步認識個人特性，明白人際關係上的取向和強弱項，互相尊重。書院亦舉辦「正念瑜珈班」，讓學生在忙碌繁重的生活節奏中，學習減壓放鬆，達至生活平衡。
每年的「Welcome U Party」不但讓新生分享進入大學的新轉變，也讓他們認識書院不同職員及樓層導師。
同學透過每星期的「正念瑜珈」，學習放下生活重擔。
「生命樹」讓學生重整生命，欣賞自己的獨特價值。
「真人圖書館」請來受情緒困擾的過來人擔任嘉賓，分享真實的生命故事。
學生參與「Kite of Life」，放風箏，在草地上野餐，散發年輕人的朝氣活力。
「吾家是何家」為非本地生而設，彼此交流各地的文化價值。
「性格透視®工作坊」有助學生認識自己，了解他人 。
